Le modèle scientifique postule qu'une modification de la forme de l'antigène et/ou de l'anticorps dans la zone de liaison des 2 molécules empêchera la liaison. Pour effectuer cette tâche, les élèves disposent de plusieurs documents qui présentent l'objectif de la séance (la conception d'un protocole), le modèle scientifique en jeu (liaison dépendante de la complémentarité spatiale elle même liée à la présence de liaisons hydrogènes et/ou de ponts disulfures), le problème à résoudre (mise en évidence de l'importance de la complémentarité spatiale), une fiche sur les agents agissant sur les protéines (agents utiles ou inutiles, les élèves devront sélectionner), une fiche technique sur la méthode d'ouchterlony (technique de mis en évidence de la réaction antigène-anticorps) et une liste des protéines disponibles (antigènes anticorps).Pour rédiger leur protocole, les élèves doivent rédiger un texte et compléter le schéma des boites de réaction.