L'idée n'est pas de faire intégralement construire le protocole aux élèves, mais de laisser à leur charge uniquement les parties qui leur sont accessibles et/ou qui sont les plus importantes en termes d'apprentissage. Dans cette perspective, le travail préparatoire peut s'organiser de la manière suivante:

• découper le protocole en actions expérimentales (sous la forme d'un arbre de tâches),
  
• analyser les savoirs nécessaires à la conception de ces actions,
• identifier les actions dont la conception met en jeu des savoirs cibles pour l'apprentissage,
• analyser la difficulté de la tâche de conception pour chaque action du protocole,
• en fonction des deux points précédents, choisir des actions dont la conception est à la charge de l'enseignant (actions indiquées sur la fiche TP) ou à la charge de l'élève,
• choisir des éléments d'aide mis à la disposition de l'élève et qui seront sources de rétroactions sur l'activité de conception (ressources et matériels, aides sous certaines conditions, situations de communication entre élèves…).