Les instructions générales des textes officiels du lycée en SVT ouvrent la porte à la mise en place de conceptions de protocoles par les élèves sans explicitement demander leur mise en oeuvre:

Ainsi pour le programme de Seconde

Référence : BO N°6 du 12 août 1999.

Les références à des expérimentations et à des activités pratiques favorisant l'appropriation des savoirs ouvrent la porte à ce type d'activité.

“ Les démarches mises en oeuvre ... contribuent à motiver le choix positif vers les filières scientifiques.”
...
“ Les cours et les travaux pratiques s'inscrivent dans une démarche explicative et critique qui comprend ... des expérimentations ... . Ils favorisent l'appropriation par l'élève de son savoir.”

Et pour le programme de première S

Référence : BO N°7 du 31 août 2000.

Dans le paragraphe sur les objectifs:
“Le programme permet d'acquérir ... en mettant l'accent sur le raisonnement scientifique, les démarches expérimentales ...”.

Concernant les sciences de la Terre:
“Le programme s'inscrit dans une démarche scientifique visant à la construction de modèles explicatifs”.

Concernant la méthodologie.
“L’enseignement s’organise autour de la construction du raisonnement scientifique et des approches expérimentales. Les différentes parties du programme reposent sur des activités pratiques permettant à l’élève de s’approprier les concepts, les méthodes, les techniques qui fondent la connaissance scientifique”.

Mais la suite du même texte montre que la construction de protocole n'est pas considérée comme étape fondamentale du raisonnement scientifique.
“Au cours des séances de travaux pratiques, l’élève apprend à saisir des données, à traiter des informations, à effectuer une synthèse, à construire éventuellement un modèle, à formuler une hypothèse et à développer l’esprit critique”.

Elle reste néanmoins utilisable puisque la fin du texte fait référence à une démarche d'investigation qui peut bien évidemment comprendre une construction de protocole même si celle ci n'est pas envisagée explicitement dans le listing précédent.
“Toute activité pratique permet la mise en œuvre des techniques dans une démarche d’investigation”.